Det opplyser landets samferdselsdepartement, ifølge nyhetsbyrået AFP.
Bussulykken skjedde i Waterberg-distriktet i Limpopo, nord i landet, nær landegrensene til Botswana, Zimbabwe og Mosambik.
Ubekreftede rapporter sa at bussen, angivelig på vei fra Botswana, stupte av Mmamatlakala-broen i regionen og brant i flammer.
Samferdselsdepartementet i Sør-Afrika skriver i en pressemelding at bussen falt 50 meter ned fra broen, etter at føreren mistet kontroll på bussen.
Provinsmyndighetene i Limpopo skriver i en pressemelding at bussen var botswansk-registrert, men at det jobbes med å avklare nasjonaliteten til alle passasjerene som var om bord.
Transportminister, Sindisiwe Chikunga, har sendt kondolanser til de etterlatte familiene og Botswanas regjering, etter den forferdelige bussulykken som krevde 45 menneskeliv i Limpopo.
– Jeg sender mine kondolanser til familiene som er berørt av bussulykken. Vi oppfordrer innstendig om at alle kjører ansvarsfullt på veiene når som vi går inn i påskehelgen, sa Chikunga i en tale på ulykkesstedet.
Totalt hadde bussen 46 om bord, inkludert sjåføren, og den siste gjenlevende, en åtte år gammel jente, skal være hardt skadet.
Det skriver den sør-afrikanske avisen SABC News.
De omkomne kom fra Gaborone i Botswana, og var på pilegrimsreise på vei til en påskegudstjeneste.