Rekordvarmen ble målt i bydelen Chiyoda ved lunsjtider søndag, ifølge Japans meteorologiske institutt (JMA).
Temperaturen i Tokyo er registrert siden 1876, men det har aldri vært målt høyere temperatur i mars.
Også andre steder i Japan ble det søndag målt temperaturer på rundt 25 grader, noe som skyldes et høytrykk.
Tidligere i måneden var det derimot relativt kaldt i Tokyo, noe som fikk kirsebærtrærne til å blomstre uvanlig seint.
Blomstringen er en stor attraksjon i Japan, og hvert år venter innbyggerne spent på beskjeden fra JMA om at blomstringen har begynt.
Årets beskjed kom først fredag, fem dager seinere enn normalt og hele to uker seinere enn i fjor, ifølge japanske medier.